Hoefer SUB Series Benutzerhandbuch
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RNA-Mobility
Entweder vor oder während der Elektrophorese, sollten
RNA denaturiert werden. Zum Beispiel,
• RNA-Fragmente, die mit Glyoxal denaturiert
und Dimethylsulfoxid haben kann auf neutralem
Agarosegelen aufgetrennt werden, oder
• RNA kann auf Agarosegelen mit Formaldehyd oder
Methylquecksilberhydroxid fraktioniert.
RNA-Proben erfordern in der Regel größere Auflagen
oder Puffer, die leicht erschöpft sind, so ist es
notwendig, um den Puffer zu zirkulieren. Northern
Analysen sollten in der Regel nicht auf einer Mini-Gel-
Tank betrieben werden.
Trennleistung
Gelkonzentration, Laufpuffer, Spannung, Temperatur,
Konformation und die Gegenwart von Ethidiumbromid
alle betreffen Trennergebnisse.
Gelkonzentration Selection
Der Bereich der Fragmentgrößen zu trennenden wird
die Wahl der Konzentration für ein Agarose Gel zu
bestimmen. Typische Agarose Konzentration beträgt
0,5% bis 3,0%. Für große DNA-Fragmente mit
niedrigem Prozentsatz Gele sind erforderlich, während
für kleine DNA-Fragmente, hochprozentige Gele
empfohlen werden. Schwache Gele (<0,5% Agarose)
sollten bei niedrigen Temperaturen Elektrophorese
unterzogen werden (zB ~4 °C). Agarosegele von
0,75% bis 1,0% für die routinemäßige Elektrophorese
werden für eine Vielzahl von Trennungen (0,15 bis
15 kb) empfohlen. 2-4% Agarosegelen werden in der
Regel für die PCR-Fragment Auflösung ausgewählt.
Wenn das Gel, um anschließend fotografiert werden,
sind dünne Gele (2-3 mm) mit niedrigem Prozentsatz
Agarose besser als dick oder hochprozentige Gele.
Letztere produzieren erhöhte Undurchsichtigkeit und
Autofluoreszenz.